Tieteilyä ja pyöräilyä

Kaksi viimeisintä viikkoa ovat olleet hyvin opiskeluntäyteisiä, sillä päivät yliopistolla ovat venyneet varsin pitkiksi (pahimmillaan klo 8­–19) kursseilla tehtävien ryhmätöiden ja itsenäisten esitelmien vuoksi. Erityisesti on harmittanut se, että yliopiston takia on jouduttu jättämään väliin tanskantunteja. Kuten jo jossakin aiemmassa kirjoituksessa mainitsimme, meillä on nyt menossa kaksi kurssia proteiinirakennekurssia: Structural Biology ja Applied Structural Biology. Ensinnä mainittu kurssi keskittyy proteiinien rakenteeseen ja toimintaan, jälkimmäinen kurssi pelkästään proteiinien kiteyttämiseen ja kristallirakenteen selvittämiseen. Kumpaakaan kurssia ei voi kuvata helpoksi, ja erityisesti Applied Structural Biology -kristallirakennekurssi tuntuu välillä mahdottoman vaikealta. Samaisella kurssilla on maisterintutkintoa suorittavien opiskelijoiden lisäksi myös tohtorin tutkintoa tekeviä opiskelijoita, joten kyseessä ei ole mikään peruskurssi. Kurssi on hyvin matemaattinen ja sisältää paljon hankalia kaavoja ja ihmeellisiä käppyröitä ja kuvioita. Onneksi mitään ei tarvitse laskea itse, sillä kaikki laskutoimitukset tehdään tietokoneohjelmilla, mutta pitäisi kuitenkin yrittää ymmärtää mihin laskutoimitukset perustuvat. Kurssin alku oli vielä ihan ymmärrettävä, kun saatiin itse kiteyttää proteiini ja tiirailla nättejä kristalleja mikroskoopilla, mutta erilaisilla ohjelmilla tehtävät diffraktiodatan prosessointivaiheet ja tulosten analysointi menevät pahasti yli ymmärryksen. Onneksi tenttiin on vielä aikaa…

Röntgendiffraktiometri, jolla proteiinikiteitä sädetetään. Varustukseen kuuluu myös detektori, jäähdytin ja kamera.

Oikeassa laidassa diffraktiokuvio, vasemmalla tietokoneohjelman tekemiä käppyröitä. Laskutoimituksien tekemisessä meni tietokoneelta puoli tuntia.

Elektronitiheyskartan ja siihen jo valmiiksi sijoitettujen aminohappojen katselua. Ilmeisesti myöhemmin kurssilla opetellaan aminohappojen sijoittamista itse.

Structural Biology -kurssi on helpommin lähestyttävä kuin kristallirakennekurssi, mutta siinäkin on todella paljon opiskeltavaa. Erityisesti päänvaivaa tuottavat kurssin tietokoneharjoitukset, joissa on joka viikko tarkastelussa jokin proteiini (tai DNA/RNA-rakenne) ja sen rakenne vuorovaikutukset jonkin ligandin kanssa. Emme kuitenkaan usein pääse sidoksien tarkasteluun asti, sillä jumiudumme PyMOL-rakennekuvantamisohjelman käytön opetteluun: PyMOL-ohjelmaa kun käytetään komentoja kirjoittamalla, eikä meillä ole aikaisempaa kokemusta komentorivien toimintaperiaatteista. Vähän kuin yrittäisi kirjoittaa järkevän lauseen sellaisella kielellä, josta ei tiedä kielioppia eikä edes sanastoa. Aika monta tuntia meni, että opittiin värjäämään proteiini vaaleanpunaiseksi. Sateenkaarivärjäystä ei osata vieläkään. Tulee aina kova ikävä Jyväskylän yliopistossa käytettyä Bodil-ohjelmaa, joka oli hyvin helppokäyttöinen. Tietysti PyMOL on paljon monipuolisempi ja huomattavasti harvemmin kaatuileva kuin Bodil, mutta Bodilia käyttämällä kolmen tunnin tietokoneharjoituksista ei menisi kaksi tuntia vain siihen, että saadaan halutut rakenteet näkyviin. Ehkä tilanne vähän helpottuu, kun opitaan pikkuhiljaa oikeasti tekemään jotakin myös PyMOL:lla. Eivät ihan kaikki muutkaan kurssilaiset ole aiemmin käyttäneet kyseistä ohjelmaa.

Täytyy kehua tanskalaisia opiskelijoita siitä, että jaksavat opiskella niin ahkerasti. Opiskelu täällä on ollut paljon rankempaa kuin Suomessa, ja odotamme jo ensi syksyn paluuta rauhallisempaan tahtiin. Vai johtuuko muutos sittenkin siirtymisestä kandiopinnoista maisteriopintoihin? Oli miten oli, tanskalaiset opiskelijat ovat todella fiksuja, itsenäisiä ja asioista kiinnostuneita. Lisäksi kaikki puhuvat erittäin sujuvaa englantia, ja kanssaopiskelijat jaksavat aina auttaa, kun olemme jonkin asian kanssa hukassa. Tanskalaiset ihmiset ylipäätään ovat oikein ystävällisiä ja iloisia, emmekä vielä kertaakaan ole tavanneet tanskalaista, joka ei olisi mukava. Se on unelmakakun ja omien pyöräkaistojen ohella paras asia Tanskassa.

Onneksi  torstai oli helatorstai, joten emme joutuneet olemaan koko kaunista päivää yliopistolla, vaan pystyimme lähtemään pyöräretkelle. Retkemme oli noin 23 kilometrin mittainen. Kiersimme Brabrandjärven, jonka ympäri kulki todella tasainen ja hyväkuntoinen asfaltoitu tie idyllisessä maalaismaisemassa. Aurinko paistoi suurimman osan matkasta ja lämmintä oli noin 16 astetta. Reitillä tuli vastaan jonkin verran kilpapyöräilijöitä ja rullaluistelijoita sekä juoksijoita. Pyöräilijöille ja kävelijöille oli onneksi omat erilliset tiet, joten matkanteko oli vaivatonta, vaikka ihmisiä olikin melko paljon liikkeellä. Matkalla näimme runsaasti peltoja ja siirtolapuutarhoja, joita onkin täällä Aarhusissa runsaasti. Joillakin pelloilla oli karjaa, ja näimme myös vuohia ja hevosia. Vesi joessa ja järvessä oli sameaa ja mutaista, mutta näimme muutamia kalastajia. Harmiksemme jäi näkemättä, millaisia kaloja vedestä saa. Suurin osa siirtolapuutarhojen rakennuksista on noin kolmen leikkimökin kokoisia, mutta osa on rakennettu melko suuriksi ja jopa kaksikerroksiseksi. Eräällä tanskantunnilla kuulimme, että erään vaihtarin kaveri jopa asuu pysyvästi vuoden ympäri tämän tyyppisessä rakennuksessa, mutta se ei kuitenkaan ilmeisesti ole laillista. Alla kuvia pyörälenkiltä.

Tarkistus kännykästä, ollaanko vielä kartalla.

Tähän loppuun vielä Tommin ottama sateenkaarikuva viime viikolta. :)

Sateenkaaren päässä odottava aarre onkin tien toisella puolella sijaitseva mäkkäri? Ei kuitenkaan olla käyty syömässä kuin yhdet jäätelöt.